75 yılında dünyaya gelen Hypatia, devrinin ünlü filozof, matematikçi ve gökbilimcilerinden Theon'un kızıdır.Hypatia dönemin üniversitesi olarak kabul edilen Museion'da felsefe, matematik ve astronomi dersleri veriyordu. Zekasının yanısıra çok güzel bir kadın olan Hypatia'nın çevresinde ona tutkun olan öğrencileri ve kölelerinin de bulunduğu kalabalık bir hayran kitlesi de vardı.

Tam da Hıristiyanlık inancının güçlendiği, bilim ve matematiğin gerilediği bir dönemde yaşayan Hypatia, inançsız bir kadın olarak kabul ediliyordu. Tarihi kaynaklara göre Hypatia, Hıristiyan dogmaya savaş açtığı için Hıristiyanlar da ona şiddetle karşı çıkıyordu. Sadece bir bilim kadını olmayıp döneminin siyasi arenasında da güçlü bir portre çizen Hypatia'nın bu alanda kurduğu ilişkiler karşıtlarını da çok korkutuyordu.

En çok da İskenderiye Başpiskoposu seçilen Rahip Cyril'i. İşte o noktadan sonra Hypatia için kötü günler de başladı. İktidar tutkunu ve acımasız bir kişiliği olan Cyril'in bu göreve seçilmesi İskenderiye'de de huzursuzluğa neden oldu. Hypatia'nın yandaşı olan Orestes ile Cyril arasındaki çatışma Cyril'in de Hypatia'ya karşı düşmanlık beslemesine neden oldu.

Yaptığı çalışmalar ve verdiği dersler nedeniyle şöhreti o dönemde Konstantinopolis olarak anılan İstanbul'a kadar ulaşan Hypatia'nın öğrencileriyle birlikte dünyadan kopuk bir yaşam sürdürmesi ve halkın inançlarına duyduğu ilgisizlik de kötü yürekli Cyril'i bazılarının gözünde haklı çıkarıyordu.

414 yılının Lent bayramında, Okuyucu Petro'nun önderliğinde Cyril'in keşişleri Hypatia'nın konuşmalarından birini tamamladığı Müzenin önünde toplandılar. Bir atlı araba kapıya geldi ve Hypatia çıktı. Pusu yerinden fırlayan kalplerinde cinayet yatan kara bir keşişler grubu Hypatia'nın arabasını sarmıştı ve Hypatia'nın inmesini zorladılar. Onu soydular ve çıplak olarak yakında bir kiliseye zorladılar, onu titreyen mumlarla aydınlamış buhur kokulu loş koridorlardan sürüklediler ve sunağa getirdiler. Bir ara eziyetçilerin ellerinden kurtulmuştu, etrafını sarmış kara cüppeli keşişler karşı bembeyaz ayağa kalkmıştı. Bir çift laf söylemek için ağzını açmıştı, ama sesi çıkmadı. Çünkü o anda Okuyucu Pedro bir vuruşla onu yere yıkmıştı ve keşişler üzerine kapandılar. Ölü bedenini sokaklarda sürüklemişler, istiridye kabuklarıyla etini kemiklerinden sıyırdılar ve kalanı yaktılar.Bu sadece çağının aydını olan Hypatia'nın değil ayrı zamanda temsilcisi olduğu Yeni Platoncu felsefe akımının da sonu oldu.